В 1918 – 1919 годах монастырь был   на территории захваченной  войсками интервентов.

Освящение знамени в Антониево-Сийском монастыре.
Сообщение из Архангельских Епархиальных ведомостей
от 15 сентября 1919 г. № 18

2 сего сентября, в Свято-Троицком соборе Антониево-Сийского монастыря, после Божественной Литургии было совершено торжественное освящение знамени, подносимого монастырем 3-му Северному Стрелковому полку. Знамя препровождено на имя Генерал Губернатора Северной Области генерал-лейтенанта Е.К. Миллера с выражением от монашествующей братии обители патриотических чувств в следующих словах: «Второй год, как Сийский монастырь находится в полосе военных действий. За это время большевики не раз имели намерение его разорить, ограбить и осквернить, но благодаря нашим доблестным воинам и союзникам, защищающим вместе ближайшие фронты, монастырь, по милости Божьей, цел и невредим, и грязные руки безбожных разбойников не коснулись его святыни.
Под старинными сводами священного храма мы продолжаем приносить бескровную жертву Господу Богу. Мы молимся за Русскую землю, молимся за своих родных воинов, молимся за великодушных союзников, молимся за всех, проливающих кровь во имя великого святого долга.
В своих скорбных молитвах мы усердно просим Господа Бога спасти нашу Родину — ту, святую великую Русь, которая не так давно была могуча и славна, но теперь обессилена и обездолена. Но, Ваше Высокопревосходительство, мы смеем надеяться, что Русь не погибнет. От большевистского гипноза народ просыпается. Люди, обманутые лживыми обещаниями коварных предателей, приходят в сознание, потерявшие Бога вновь Его ищут и к Нему обращаются.
В России есть еще люди сильные духом. Они крепко любят свою Родину: они не пожалеют сил, не пожалеют жизни, чтобы ее воскресить, соединить и создать вновь могучей и славной. И искренне преданные Отечеству военачальники — патриоты объединят и сплотят славное войско, и начатое ими великое святое дело с честью и славою доведут до конца. Желая полнее выразить чувства глубокой признательности родному Русскому войску, мы соорудили и освятили на раке Преп. Антония национальное знамя, хотя и простое и скромное по материальному веществу, но сокровенно богатое по духовному содержанию. Поднося его Вашему Высокопревосходительству, мы усердно просим Вас принять от нас этот священный дар — как символ победы и торжества над врагами, и вместе с нашими простыми, но искренне сердечными пожеланиями вручить его доблестным воинам 3-го Северного Стрелкового полка. Мы желали бы передать нашим славным героям, что Святой Победоносец Георгий и Преподобный Отец наш Антоний, Сийский Чудотворец, будут всегда верными ангелами-хранителями и покровителями тех храбрых воинов, которые под сению Святого Креста и Их священными ликами будут самоотверженно защищать и охранять свою святую Веру, — свою дорогую Родину. Вашего Высокопревосходительства усердные почитатели, искренние доброжелатели Антониево-Сийского монастыря: Настоятель, Архимандрит Гурий, Благочинный, иеромонах Герман, Ризничий, иеромонах Виктор, Казначей, иеродиакон Амвросий и Делопроизводитель, иеродьякон Авксентий. 3 сентября 1919 г.