Храм был построен в 1781-1782 гг и первоначально находился на правом берегу р. Ваги недалеко от Шенкурска. В 1866 году он был перенесен на левый берег.
28 июня 1872 года освящен престол во имя Крестителя Господня Иоанна Предтечи.
Приход располагался на левом берегу реки Ваги, в 5 верстах от г. Шенкурска. Центр прихода находился в Великом Погосте. В состав прихода входило до 40 деревень. В церковном архиве хранилась грамота Макария, митрополита Новгородского, от 18 марта 7169 (1661) г. на построение и освящение на новом месте храма в честь Рождества Иоанна Предтечи, с приделом во имя Николая Чудотворца. Эта грамота была дана "на Вагу Шенкурския четверти поповскому старосте Архангельскому попу (т.е. иерею Шенкурского Архангельского собора) Лаврентию Федорову". В грамоте, в частности, было сказано: "В Шенкурской де четверти в Шенкурском стану стоит де храм в их (просителей) Никольском приходе во имя Николая Чудотворца, а как де тот храм воздвигнут и освящен тому де больше полуторых сот лет...", т.е. храм был построен в конце 15-го века. В 1780-1781 г.г. построен новый храм в честь Рождества Иоанна Предтечи, на месте старого.
В приходе был и другой храм, Георгиевский, впервые упоминаемый в 17-м веке. 12 ноября 7133 (1625) г. митрополитом Новгородским Макарием была дана грамота Никольскому попу Ефрему на построение новой церкви во имя вмч. Георгия на место прежней, сгоревшей в 1624 г. Следующий храм построен в 1761-1763 г.г.
Когда оба храма - Георгиевский и Иоанно-Предтеченский - обветшали, решено было строить новые храмы на другом берегу реки, в центре прихода. Георгиевский однопрестольный теплый храм перенесен в 1866 г., освящен 25.11.1868. Предтеченский холодный храм перенесен в 1866 г., освящен 28.6.1872, Никольский придел освящен 23.6.1873. Еще один придел, во имя свв. апостолов Петра и Павла, устроен в 1879 г.
В Иоанно-Предтеченской церкви находилась плащаница на кумаче с изображением св. прав. Христа ради юродивого Георгия, Шенкурского Чудотворца, мощи которого находились в церквях Велико-Николаевского прихода. Здесь хранился и пятичный образ святого и рукописная служба ему с кратким житием. Мощи святого были обретены нетленными в начале 16-го века при стольнике князе Михаиле Васильевиче Хворостине (ум. 22.3.1514), устроившем часовню и каменную гробницу над телом св. Георгия и написавшем упомянутую плащаницу, которая лежала долгое время на гробнице угодника, а затем перенесена была в Георгиевскую церковь. 13 апреля 1716 г. архиепископ Варнава дал грамоту на розыски мощей игумену Иоанно-Богословского монастыря Евфимию и протопопу Шенкурского Благовещенского собора Иову.
Крестьяне прихода 28 апреля 1887 г. приняли решение, с разрешения епархиального начальства, отлить на общественные деньги колокол весом 150 пудов для приходской церкви, в память коронования императора Александра III, который после доклада об этом обер-прокурора Св. Синода 5 декабря 1887 г. повелел "благодарить". О чем было объявлено прихожанам и совершена Божественная литургия и торжественный благодарственный молебен о здравии императора, императрицы и всего царствующего дома. Колокол был освящен 18 января 1888 г.
/Библиография: Краткое историческое описание приходов и церквей Архангельской епархии. Вып. 2 - Архангельск, 1895. - С. 18-24./
Использованы материалы архива ГАУ «Научно-производственный центр по охране памятников истории и культуры».